A. Sejarah Berdiri
Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) Sanjaya Pakem berdiri pada tanggal 1 Januari 1966 dengan nama Sekolah Menengah Ekonomi Atas (SMEA) Sugiyo Pranoto. Awalnya SMK Sanjaya Pakem belum memiliki gedung, sehingga kegiatan belajar mengajar berlangsung di gedung SMP Kanisius Pakem pada sore hari. SMK Sanjaya Pakem didirikan oleh Yayasan Sanjaya Keuskupan Agung Semarang, dengan dibentuk suatu panitia yang diketuai oleh Alm. Fs Dirjo Widarsono dan beranggotakan Drs. Ramidjo Sutanto, Alm. Drs. Y. Sukijo, Y. Sismadi, BA.
B. Bergabung dengan Direktorat Sekolah Sanjaya
SMK Sanjaya Pakem bergabung dengan Yayasan Bernardus pada tanggal 29 September 2006 melalui Rapat Pengurus Yayasan Bernardus dengan Pengurus Yayasan Pendidikan Sanjaya di kantor Yayasan Bernardus Semarang dengan status “payung hukum”. SMK Sanjaya Pakem dengan status payung hukumnya dikelola oleh Dewan Pelaksana Pendidikan (DPP) TK Bina Kasih dan SMK Sanjaya Pakem selama 7 tahun sampai pada akhirnya pada tanggal 26 Juli 2013 bergabung secara penuh ke Yayasan Bernardus di bawah pengelolaan Direktorat Sekolah Sanjaya.